Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil dipimpin oleh seorang Kepala Dinas yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil mempunyai tugas melaksanakan urusan Pemerintahan Daerah dan tugas pembantuan di bidang kependudukan dan pencatatan sipil.

Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kabupaten Gunungkidul bertipe A, yang terdiri dari 4 Bidang, antara lain Bidang Pelayanan Pendaftaran Penduduk, Bidang Pelayanan Pencatatan Sipil, Bidang Pengelolaan Informasi dan Administrasi Kependudukan, dan Bidang Pemanfaatan Data dan Inovasi Pelayanan.  Motto Pelayanan : Patilo Gunkid (Pelayanan Adminduk  Tuntas Ikhlas Luhur Obyektif Gunungkidul)